(w stylu gotyckim) wybudowano pod koniec XIV w. na miejscu świętego gaju Prusów. Parafia w Czernikach należała do archiprezbiteratu w Reszlu do 1525r. Jest to budowla murowana z cegły i polnych kamieni, jednonawowa na planie prostokąta. Kościół był przebudowywany w latach 1749-1750 i 1771-1772, a w roku 1886 dobudowano neogotycką wieżę. Do drugiej wojny światowej nad wejściem do kościoła wisiała podkowa. Podkowę tę wiązano z legendą o karczmarce z Nakomiad, jednakże mogła to być materialna pamiątka po Tatarach, którzy ograbili Czerniki w 1657 r. Po reformacji kościół w Czernikach został świątynią ewangelicką do 1945. W Czernikach pierwsza Msza św. po poświęceniu kościoła dla kultu katolickiego odbyła się 27 grudnia 1945 r.

      Kościół poświęcił pod wezwaniem św. Jana Ewangelisty i Matki Boskiej Szkaplerznej ks. Wacław Radziwon z parafii św. Katarzyny w Kętrzynie. W kościele przeprowadzono niezbędne remonty. Zmieniono ołtarz główny – w miejscu ocalałego witraża zamocowano krucyfiks z początku XVI w., którego pochodzenie nie jest znane. Kościół w Czernikach pw. św. Jana Ewangelisty jest kościołem filialnym parafii w Karolewie.